我國各地氣候不同，人民的生活習慣也不同，釀造出來的腐乳品質也必然不同，但其生產(chǎn)程序都是利用微生物的相互協(xié)同作用而進行發(fā)酵的，經(jīng)過微生物產(chǎn)生的酶類(如蛋白酶、肽酶、淀粉酶及脂肪酶等)，把蛋白質轉化成可溶性的低分子含氧化合物、氨基酸及脂肪等。

制作方法紹興腐乳的生產(chǎn)工藝是以傳統(tǒng)操作和科學技術相結合進行的。它采用優(yōu)質黃豆作為原料，經(jīng)嚴格篩選、風選、除雜去殘；再經(jīng)浸泡、沖洗、磨煮、濾渣、點漿、壓坯、劃坯成型(制成的半成品，要求色澤潔白，厚薄均勻，細軟而有彈性)。再將白坯放入竹籠后噴灑萬分之二的毛霉菌種(其中棋方腐乳不經(jīng)毛霉發(fā)酵)；在20℃左右的氣溫下，經(jīng)5天左右的前期發(fā)酵(隨著氣溫的改變、發(fā)酵時間作相應調整)，毛霉生長較快，逐漸由白色轉為黃褐色，孢子明顯、菌絲粗壯，經(jīng)顯微鏡檢查無其他雜菌污染毛坯(或稱酵坯)即可腌漬，加鹽量為毛坯的30%，一層毛坯加鹽一層，紅方用人缸腌漬，醉方用竹籮腌漬、在室溫20℃左右的情況下，經(jīng)10天腌漬即成腌坯(碎方腌漬時間可適當縮短)。正常腌坯色澤黃亮、堅硬，四角方整，由毛霉形成一層表皮，即可裝入壇中，進行后期發(fā)酵。入壇時加入佐料即黃酒30%、紅曲漿5%，醬籽11%及花椒等，用荷葉封口后堆疊，在25～30℃環(huán)境下，經(jīng)5～6個月即可成熟。正常成品外觀紫紅色，內(nèi)呈醬黃色，質地細軟，有腐乳特有芳香和含有較高的氨基酸態(tài)氮。

紹興腐乳在生產(chǎn)中對所用的毛霉菌都經(jīng)過嚴格檢驗，在無雜菌的情況下使用。對選擇原輔料的優(yōu)質，也都是很重視；腐乳裝壇時添加的黃酒，是有名的紹興老酒，能防止毛霉繼續(xù)生長和雜菌污染。當然醇還可以和有機酸結合成酯類，增加腐乳的風味。用的鹽是海鹽，這種鹽潔白、鎂的含量少、無澀味，較鮮美能促進食欲，不過它還有一個重要的作用，那就是浸提結合于毛霉菌絲上的蛋白酶。還有腐乳在生產(chǎn)過程中用的是鑒湖水。據(jù)有關部門測定，鑒湖水是軟水，淡水，它含有鈣、鉀等元素，還有微量的鋰，這些化學成分也是提高腐乳質量的一個因素。為了保證產(chǎn)品質量，紹興腐乳在生產(chǎn)過程中還自制優(yōu)質紅曲和面醬，作為產(chǎn)品的輔料。