雖然具有二組相同的染色體組，但有一個或多個基因是單價的，沒有與之相對應的等位基因，這種合子稱為半合子。例如果蠅雄體系由一對不同的XY性染色體所決定的，在雄果蠅中X染色體上的基因在細胞中只有一套，所以成半合狀態(tài)。這時由于隱性基因的作用可以表現(xiàn)出來，所以具有一個白眼基因w的雌果蠅（w／＋）是紅眼，雄果蠅（w／Y）則是白眼。含有這種基因座位的染色體部分發(fā)生缺失的染色體在發(fā)生交換重組后也同樣呈半合狀態(tài)，這時雌果蠅只帶一個w基因而表現(xiàn)為白眼。
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