亦稱模式菌株。在給某細(xì)菌定名，分類作記載和發(fā)表時，為了使定名準(zhǔn)確和作為分類概念的準(zhǔn)則，以純粹活菌（可繁殖）狀態(tài)所保存的菌種。相當(dāng)于動植物分類中的模式標(biāo)本。在進(jìn)行細(xì)菌等的分類和鑒定時，生理學(xué)和生物化學(xué)特性十分重要，但若就這些性質(zhì)進(jìn)行試驗，就必須應(yīng)用許多純分離的新細(xì)胞。因此，作為分類標(biāo)準(zhǔn)的菌種，也有必要進(jìn)行純粹分離，并以活菌（可以分裂）狀態(tài)保存。在標(biāo)準(zhǔn)菌種中，對于從作過原始記載的作者實(shí)際分離或應(yīng)用的菌株，通過營養(yǎng)繁殖獲得和保存的菌株，稱為正標(biāo)準(zhǔn)菌株。此外，當(dāng)原作者使用復(fù)數(shù)菌株，以后的研究者選擇其中之一作為最適當(dāng)?shù)木陼r，稱該菌種為選定標(biāo)準(zhǔn)菌株。當(dāng)原作者使用的菌株失掉，以后的研究者就新的菌株研究，記載后，確認(rèn)可以作為國際上正標(biāo)準(zhǔn)菌株的代替菌株時，稱該菌株為新模式菌株。保存菌種時，必須留心不使菌株在保存過程中死亡或發(fā)生變異。目前最常用的保存方法是凍結(jié)干燥法。模式菌株應(yīng)由適當(dāng)?shù)木N保存機(jī)構(gòu)保存。