Gene Ontology（GO）包含了基因參與的生物過程，所處的細胞位置，發(fā)揮的分子功能三方面功能信息，并將概念粗細不同的功能概念組織成DAG（有向無環(huán)圖）的結構。Gene Ontology是一個使用有控制的詞匯表和嚴格定義的概念關系，以有向無環(huán)圖的形式統(tǒng)一表示各物種的基因功能分類體系，從而較全面地概括了基因的功能信息，糾正了傳統(tǒng)功能分類體系中常見的維度混淆問題。在基因表達譜分析中，GO常用于提供基因功能分類標簽和基因功能研究的背景知識。利用GO的知識體系和結構特點，旨在發(fā)掘與基因差異表達現(xiàn)象關聯(lián)的單個特征基因功能類或多個特征功能類的組合。

根據(jù)GO的知識體系，使用“功能類”（或者叫做“功能模塊”）這一概念具有以下優(yōu)點：我們認為，單個基因的表達情況的改變不足以反映特定功能/通路的整體變化情況。因為類似人類社會的組織結構，生物體的功能的實現(xiàn)決不僅僅是依靠一兩個基因功能的改變來實現(xiàn)的。因此過分著重單個基因表達變化，將會在后期結果處理中嚴重干擾對于結果的合理分析，導致偏倚性加大，而且是無法避免的。因此利用GO的結構體系，把參與同樣功能/通路的基因進行“功能類”層面的抽象和整合，提供比基因更高一層次的抽象結論，對理解疾病的發(fā)病機制或藥物的作用機理等更有幫助。

但是該方法也存在一定的不足，由于生物體內部的調控網(wǎng)絡可能具有“scale-free network”的特點，個別功能重要的基因（主效基因）具有“Hub節(jié)點”的重要特性，它的功能改變可能對于整個網(wǎng)絡來說是至關重要的，在這點上，這些重要的基因又具有一定的“自私獨 裁”特點。而“功能類”之觀點模糊了這種差別特性，過于強調“共性”，而忽視了“個性”，這也是“功能類”的一個不足之處，這就需要結合相關的生物學知識才能夠實現(xiàn)。